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Le Ctifl déploie l’ensemble de ses savoir-faire techniques et économiques pour améliorer l’expertise des différents métiers de la filière et accroître la compétitivité des entreprises. Il travaille en partenariat étroit avec les organismes français et européens de la recherche, l'expérimentation et l'innovation. Il intervient auprès des acteurs professionnels ou de leurs organes de représentation pour les appuyer techniquement dans leur développement stratégique.

Les missions confiées au Ctifl sont définies dans le cadre de ses statuts :

• Mettre en œuvre dans son secteur de compétence, la recherche appliquée et l’expérimentation des résultats de nature à favoriser l’innovation technique et les transferts de technologie dans les entreprises de production et de distribution de la filière
• Coordonner les méthodes et moyens mis en œuvre dans le cadre de l’expérimentation régionale et destinés à l’acquisition de références fiables, de façon à éviter la dispersion des efforts en la matière
• Participer à toute action visant à établir et appliquer les règles de qualité et leur contrôle « dans le cadre de la certification fruitière »
• Elaborer, réunir et diffuser toute étude et documentation technique et économique utiles à la profession
• Contribuer à la formation et l’information des professionnels et techniciens du secteur des fruits et légumes